فاضلاب‌ها منشأ اصلی بسیاری از آلودگی‌های آبی در ایران و جهان به‌شمار می‌آیند. آلودگی زیست‌‌محیطی گسترده، خطری است که موجودات کنونی و آیندگان را به شدت تهدید می‌کند. پیل سوختی میکروبی(MFC) به عنوان فناوری انرژی تجدید پذیر چند منظوره به طور همزمان می‌تواند در تصفیه فاضلاب‌های مختلف و تولید برق یا زیست‌هیدوژن به طور گسترده مصرف شود. در این مقاله، عملکرد انواع MFC از نظر تولید توان، حذف آلاینده‌های سمی نظیر فلزات سنگین و کارایی تصفیه فاضلاب با معیار پارامترهایی چون مصرف اکسیژن شیمیایی(COD) و بازده کولونی (CE) مرور شده است. در این مقاله، فاضلاب‌ها در چند گروه کلی فاضلاب‌های سنتزی، صنایع غذایی، صنعتی، خانگی و شهری تقسیم بندی شده‌اند. توان خروجی پیل سوختی میکروبی و میزان تصفیه فاضلاب در آن به شرایط عملیاتی نظیر نوع فاضلاب و قدرت یونی آن، دبی ورودی، دما، pH، میزان بارگیری آلی، زمان ماند هیدرولیکی، نوع کنسرسیوم میکروبی و کارایی روی‌اندودی، و مقاومت درونی وابسته است.
)